頓丘港以頓丘縣為名。頓丘是東漢東郡的屬縣，屬兗州，位於東郡北部，與冀州魏郡相鄰。
頓丘一帶是河北與兗州之間的交界地帶，漢末群雄爭奪河北、兗州時，此地常處於前線。曹操早年曾任頓丘令，是他仕途初期的職位之一。西晉時又在這裡設置頓丘郡。